Поиск здесь и там я собрал следующее:
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
%\usepackage{tikz-cd}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{cd}
\usetikzlibrary{fit, patterns}
\begin{document}
\[
\tikz[%remember picture,
overlay]{
\filldraw[fill=yellow!50,draw=red!50!yellow] (-.5,-3.2) rectangle (3.8,-.4);
}
\begin{tikzcd}[row sep=2.5em]
& \text{A} \\
\arrow[rightarrow]{d}{R_4}\text{B} \arrow[leftarrow]{ur}{R_1}
\arrow[dashed,leftrightarrow]{rr}{R_3} && \text{C} \\[3em]
\arrow[leftrightarrow]{rd}{R_1}\text{D}\arrow[leftrightarrow]{rr}{R_3} & &
\text{E} \arrow[leftrightarrow]{ld}{R_2}\\
& \text{F} &
\end{tikzcd}
\]
\end{document}
Выводит:

Я не редактировал ни один из ваших кодов в \[
и \]
, за исключением добавления [3em]
в строке 18 для вертикального интервала.
Стиль (цвета, поля)может быть изменен по вашему вкусу!