Похоже, вы путаете терминологию. HTTPS - это протокол, используемый для запроса страницы с сервера с использованием шифрования SSL или TLS. Это отдельно от того, как вы обслуживаете запрос.
В вашем PHP исходные тексты обрабатываются на стороне сервера. Все включения будут выполнены до того, как PHP передаст страницу на ваш веб-сервер для возврата по ссылке TLS.
file.php:
<?php
include 'fileA.php';
include 'fileB.php';
?>
В приведенном выше примере пользовательский агент (браузер) никогда не видит fileA.php или fileB.php. Запрос страницы возвращается как один документ. Вы можете запросить его через https://my -server.com / file.php , в этом случае это все, что вам нужно.