Обычно base64 используется для двоичных данных.Вы, вероятно, не должны хранить декодированные данные в том же столбце, что и строка, закодированная в base64.При необходимости вам следует с помощью команды ALTER TABLE добавить новый столбец типа VARBINARY или BLOB для хранения двоичных данных.
ALTER TABLE MyTable ADD COLUMN BinaryField BLOB;
Затем вы можете заполнить этот столбец оператором UPDATE:
UPDATE MyTable SET BinaryField = FROM_BASE64(EncodedField);