Пожалуйста, рассмотрите следующий пример
import numpy
a = numpy.array([51, -2, -16, 38, 27])
b = numpy.array([-16, 51, 38])
print([numpy.where(b[x] == a)[0][0] for x in range(len(b))])
# [2, 0, 3]
Возвращаются индексы, соответствующие значениям b в a. Это работает, только если все значения b содержатся в a. Для вашего примера это тот случай, когда b является первым столбцом вашего второго изображения, а a первым столбцом вашего первого изображения. Имея индексы, вы можете легко вычесть значения потока на той же длине волны.