Нет, я не думаю, что Eclipse может сделать это в пакетном режиме. Возможно, было бы лучше написать быстрый и грязный скрипт, чтобы сделать это один раз, или если вы видите это как нечто, что вам понадобится снова и снова, возможно, напишите плагин Eclipse (я не знаю ни которые делают это, но это не та ситуация, с которой я когда-либо сталкивался).