Вы можете перестроить код в IntelliJ после генерации кода вручную, даже если это не гарантирует, что код попадет в конец файла. Вы можете сделать это, нажав на пункт меню «Перегруппировать» в меню «Код»:
Другой вариант перекомпоновки кода без использования меню - через диалоговое окно файла «Переформатировать», нажав на Windows Ctrl + Shift + Alt + L и активировав в нем Флажок «Переформатировать код».
Вы можете изменить схему расположения кода в настройках в следующем диалоге: