Спасибо. Я сделал что-то вроде этого. Я добавил и Observer и при получении уведомления при изменении pdf записываю содержимое в filepath
PDFView *view = notification.object;
PDFDocument *myDocument = view.document;
NSData* content = myDocument.dataRepresentation;
[content writeToFile:newPath atomically:YES];
Это сработало для меня.