Для сборок autotools вы можете ожидать, что скрипт ./configure
будет проверять флаги компилятора, установленные с помощью переменных среды (обычно также поддерживаются параметры командной строки, но их не так легко запомнить, IMHO). Имена для этих переменных являются стандартными, и в вашем случае это должно быть
CXXFLAGS="-fpermissive" ./configure
make install
Сценарий конфигурации генерирует makefile
таким образом, что значение CXXFLAGS
передается компилятору при сборке.