A Страница пользователя (<username>.github.io) отличается от страницы проекта (http(s)://<username>.github.io/<projectname>): ее страницы могут быть опубликованы только с master.
Для первого (репо пользовательской страницы) все, что вам нужно сделать, это:
- Оформить заказ на главную ветку
- удали свои файлы и передай
- добавьте ваши новые файлы (для нового сайта) и подтвердите.
Это заменит существующий веб-сайт страницы пользователя.
Я переключил файл по умолчанию в новом на gh-pages, и он опубликовал его под username.github.io/Repository
Это страница проекта, и размещение этих файлов на главной странице не сделает их опубликованными в репозитории пользовательской страницы.