При использовании нескольких идентификаторов используйте переменный формат IN (1,2,3), а не простое равенство. Также, если у вас более одного идентификатора, возможно, переменная должна называться $ userIDs?
if(count($userID) > 0) {
$query = 'DELETE FROM members WHERE member_id IN ('. implode(',', $userID) .')';
}