Если ваш скрипт выполняет что-то, требующее root-доступа, система уже проверит разрешения и заблокирует доступ.
Вы можете просто проверить текущего пользователя и прервать:
if [ ! `id -u` = 0 ]; then
echo "ERROR: This script must be run as the root user"
fi