Итак, все должно быть в порядке? У вас уже есть mod_rewrite?
Если mod_rewrite загружен правильно, файлы .htaccess на месте и index.php по-прежнему отображается в ссылках, то, скорее всего, это проблема с файлом конфигурации core.php.
Причина проблемы
В моем случае это была проблема с параметром конфигурации App.baseUrl:
Configure::write('App.baseUrl', env('SCRIPT_NAME'));
Решение проблемы
Вот как я исправил эту проблему (и несколько других с перенаправлениями), закомментировав следующую строку из core.php:
// Configure::write('App.baseUrl', env('SCRIPT_NAME'));
или торт 3+ в config / app.php
//'baseUrl' => env('SCRIPT_NAME')