Уменьшить запас пустого пространства в заговоре - PullRequest
Новая
       19

Уменьшить запас пустого пространства в заговоре

0 голосов
/ 18 мая 2018

Данные и библиотеки, использованные для этого вопроса: 

library(tidyverse)
library(reshape2)
library(cowplot)
data("diamonds")
temp1_m <- temp2_m <- melt(diamonds[1:3])
temp1_m[3] <- temp2_m[3] <- NULL
colnames(temp1_m) <- colnames(temp2_m) <- c('Var1', 'Var2', 'value')

Я пытаюсь объединить два geom_tile графика, используя библиотеку cowplot. Два отдельных участка создаются с использованием: 

figMT <- ggplot(temp2_m, aes(Var1, Var2))+
    geom_tile(aes(fill = value), colour = 'white')+
    scale_fill_gradient(low = 'green', high = 'red', name = 'log fold change',
    guide = guide_legend(title.vjust = 1, reverse = T))+
    ggtitle('Mutant clusters')+
    scale_x_discrete(expand = c(0, 0))+
    scale_y_discrete(limits = rev(levels(temp2_m$Var2)))+
    xlab('')+
    ylab('')+
    coord_equal()+
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    axis.text = element_text(size=12),plot.margin=grid::unit(c(0,0,0,0), "mm"))

и 

figWT <- ggplot(temp1_m, aes(Var1, Var2))+
    geom_tile(aes(fill = value), colour = 'white')+
    scale_fill_gradient(low = 'green', high = 'red', name = 'log fold change',
    guide = guide_legend(title.vjust = 1, reverse = T))+
    ggtitle('WT clusters')+
    scale_x_discrete(expand = c(0, 0))+
    scale_y_discrete(limits = rev(levels(temp1_m$Var2)))+
    xlab('')+
    ylab('Cluster')+
    coord_equal()+
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    axis.text = element_text(size=12),plot.margin=grid::unit(c(0,0,0,0), "mm"))

Затем я использую cowplot, чтобы сначала создать заголовок с: 

title <- ggdraw()+
  draw_label("Heatmaps over the average fold change of the clusters", fontface='bold')

, а затем объединить заголовок и два сюжета с: 

p <- plot_grid(figWT+ theme(plot.margin = unit(c(0, -10, 0, 0), "cm")),
               figMT+ theme(plot.margin = unit(c(0, 0, 0, -5.1), "cm")),
               labels=c('A', 'B'), hjust = c(-24, -.5))
plot_grid(title, p, nrow=2, rel_heights=c(0.1, 1))

Я уменьшил много пробелов между двумя тепловыми картами после их слияния. Но это создает много пробелов на левом и правом краях, которые мне не удается удалить. То есть когда я сохраняю картинку с помощью: 

ggsave('ex1.pdf', scale = 2)

Есть предложения?

1 Ответ

0 голосов
/ 20 мая 2018

Добавляя coord_equal(), вы устанавливаете систему координат с фиксированным соотношением сторон, что означает, что вам нужно, чтобы соотношение сторон конечного выходного файла совпадало с соотношениями сторон ваших базовых графиков.Не указав ширину и высоту в строке ggsave(), вы гарантированно не получите правильный вывод.Кроме того, если вы обнаружите, что устанавливаете большие отрицательные поля, вы точно знаете, что делаете что-то не так.

Не зная точно, каков предполагаемый результат, мне кажется разумным: 

p <- plot_grid(figWT, figMT, labels=c('A', 'B'))
plot_grid(title, p, nrow=2, rel_heights=c(0.1, 1))
ggsave("ex1.png", width = 8, height = 4.5, dpi = 300)

enter image description here

...