Существует два разных формата в protobuf; оригинальный формат был двоичным. Позже была добавлена вторичная кодировка JSON, которая работает с тем же DSL. Но, будучи JSON, он намного менее эффективен, чем двоичный формат по умолчанию.
Теперь; protobuf-net реализует только двоичное кодирование. Он выглядит как ваш фид в формате JSON, в этом случае он не будет хорошо работать с protobuf-net.
Реализация google поддерживает как двоичный, так и JSON-формат, если это помогает (protobuf-net - это просто отдельная реализация спецификации protobuf).