Проблема в том, что вы повторно используете массив, поэтому вы перезаписываете ранее установленные значения.
Помещение чего-либо в карту (или список, набор, массив и т. Д.) Не копирует эту вещь: онопросто помещает ссылку на эту вещь на карту.Таким образом, вы увидите последующие обновления в объекте на карте.
Объявите double[] tempAr
внутри цикла.
for (int i = 0; i < 3; i++) {
for (int j = 0; j < 3; j++) {
// ...
double[] tempAr = {i, j};
mz.put(mykey, tempAr);
}
}