Во-первых, проверьте ваши настройки: файл карты для ClearCase 7 или более .
text_file_delta xcompare C:\Program Files (x86)\Beyond Compare 4\BComp.exe
text_file_delta xmerge C:\Program Files (x86)\Beyond Compare 4\BComp.exe
Во-вторых, обязательно используйте Beyond Compare 3 или 4.
В-третьих, насколько я вижу, показанное здесь трехстороннее слияние предназначено только для профессиональной версии, а не для стандартной.