неожиданный результат при использовании phangorn :: simSeq ()

Question

Я использую phangorn :: simSeq ()

https://www.rdocumentation.org/packages/phangorn/versions/2.4.0/topics/simSeq

, и я использую type = "DNA" в качестве параметра.

В полученном сообщении я получаю«Состояния являются активными» (это то, что я ожидаю, но затем, когда я вижу результат:

Я ожидаю увидеть A, C, T, G в качестве результатовне 1,2,3,4 ... как я могу заставить A, C, T, G появляться вместо 1,2,3,4 ... Я думал, что получил это, указав параметр type="DNA"

Answer 1

simSeq возвращает объект phyDat.Вы можете преобразовать этот объект в матрицу символов, используя as.character, или экспортировать его, используя write.phyDat.

> library(phangorn)
> tree <- rcoal(5)
> dat <- simSeq(tree, l=10)
> as.character(dat)
   [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
t2 "t"  "g"  "c"  "c"  "t"  "g"  "a"  "g"  "t"  "a"  
t5 "g"  "t"  "c"  "t"  "t"  "t"  "t"  "g"  "c"  "g"  
t1 "g"  "t"  "c"  "t"  "t"  "t"  "t"  "g"  "c"  "g"  
t3 "g"  "a"  "g"  "c"  "t"  "t"  "t"  "c"  "g"  "g"  
t4 "g"  "g"  "g"  "g"  "t"  "a"  "a"  "g"  "g"  "g"