ИДЕЯ 1
Попробуйте добавить триггер щелчка к вашему флажку:
$(selector_to_checkbox).click(function(){ $(this).change() });
Возможно, IE неправильно запускает событие изменения.
ИДЕЯ 2
Попробуйте явно стереть флажок перед вызовом .select
$(selector_to_checkbox).change(function(){
$(this).blur();
$(selector_to_textbox).select();
});