SDMMC находится на шине APB2, вы можете отключить часы для периферийного устройства, установив бит 10 RCC_APB2ENR
в 0, это описано на стр. 259 справочного руководства для этого процессора..
Код, который вам нужен, выглядит следующим образом, в зависимости от используемой вами библиотеки.
RCC->APB2ENR &= ~RCC_APB2ENR_SDMMCEN;
Чтобы снова включить его, необходимо выполнитьнапротив, установите этот бит на 1
RCC->APB2ENR |= RCC_APB2ENR_SDMMCEN;
Вполне возможно, что в HAL есть функция, которая делает это за вас, но кто-то, кто использует библиотеку и знаком с ней, должен будет помочь с этим.