Нет ничего плохого в использовании относительных путей со страницами SSL, должно быть что-то еще.
Рассматривали ли вы какую-либо другую логику, которая у вас может быть, дополнительную переадресацию с другим URL-адресом или что-то еще, что может быть причиной?
PS. Если вы используете Chrome , нажмите на источник просмотра и нажмите Ctrl-клик по пути CSS. Это должно привести вас к тому, на что он должен указывать.