Без вашего набора данных и контекста мы не можем сказать вам, какой из них быстрее для вашего сценария.
Я бы предложил создать собственный сценарий тестирования:
var candIds = ...//int array of candidates that i need
var watch = new Stopwatch();
watch.Start();
Candidates.SelectMany(c=>c.Notifications.Where(...).ToList())
watch.Stop();
Console.WriteLine("Time Elapsed {0} ms", watch.Elapsed.TotalMilliseconds);
watch.Restart();
Notifications.Where(n=>candId.Contains(n.CandidateId) && ...).ToList();
watch.Stop();
Console.WriteLine("Time Elapsed {0} ms", watch.Elapsed.TotalMilliseconds);