Я не знаю никого, кто использует NAnt или MSBuild вместо IDE. Все, кого я знаю, кто использует один или другой, используют эти инструменты для поддержки и в дополнение к IDE. Дело не в том, что вы не можете писать код .NET без и IDE, таких как VS, Mono или SharpDevelop, но они спасут вас от боли в пути.
Кроме того, NAnt больше не разрабатывается и не поддерживается. Последняя бета была что-то вроде два года назад. Я не рекомендовал бы использовать его, хотя я знаю многих, которые клянутся им (и нам даже нужно использовать это здесь для определенных устаревших проектов).