Я пытаюсь выполнить выравнивание по бисульфиту с помощью функции qAlign.Это моя команда:
align <- qAlign("/analysis/SampleFile.txt","/analysis/refgenome.fa",aligner="Rbowtie",bisulfite="dir",alignmentParameter=" -m 3 -v 5 --best --strata")
Я всегда получаю следующую ошибку, когда пытаюсь передать параметры выравнивания, независимо от того, какие это параметры:
Error in checkForRemoteErrors(val) :
one node produced an error: Error on server.whorke.de processing sample /testread.fasta : bowtie (CtoT) failed to perform the alignments.
Есть предложения?
Заранее спасибо!
Бест, амер