Установка пакета BayesLogit - PullRequest
Новая
       41

Установка пакета BayesLogit

0 голосов
/ 20 ноября 2018

Я пытаюсь установить пакет BayesLogit в R. Пакет был удален с веб-сайта CRAN, но у меня есть исходные файлы BayesLogit_0.6.tar.gz.Я пытаюсь запустить 

install.packages("BayesLogit_0.6.tar.gz", type = "source", repos = NULL)

, но получаю следующую ошибку: установка пакета 'BayesLogit_0.6.tar.gz' имела ненулевой статус выхода.

Может кто-нибудь помочь, или вы можетебольше не устанавливать этот пакет?У меня установлен пакет на другом компьютере, который я установил обратно, когда он был на веб-сайте CRAN.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 12 февраля 2019

Linux

Запустите эти команды в сеансе R: 

install.packages("devtools")  # optional, in case you don't have it
require(devtools)
install_version("BayesLogit", version = "0.6")  # the latest version on CRAN archive

macOS

Для компиляции BayesLogit из исходного кода требуется GFortran, для которого требуются XCode и инструменты командной строки:

  • установить XCode из App Store или установить только инструменты командной строки (например, из this thread )
  • установить gfortran, например, используя соответствующий образ диска
  • запустить тот же код, что и выше, внутри R: 
install.packages("devtools")  # optional, in case you don't have it
require(devtools)
install_version("BayesLogit", version = "0.6")  # the latest version on CRAN archive

Альтернативный пакет

GitHubстраница BayesLogit была последний раз обновлена ​​11 месяцев назад, поэтому я рискну предположить, что она не будет на CRAN.Альтернативой является этот пакет , который реализует ту же схему Polya-Gamma, что и BayesLogit, и имеет очень похожий синтаксис: 

# BayesLogit
obj <- BayesLogit::logit(y=y, X=X, P0=diag(rep(precision, ncol(X)), samp=n_samples, burn=burn)
# PolyaGamma
obj <- PolyaGamma::gibbs_sampler(y=y, X=X, lambda=precision, n_iter_total=burn + n_samples, burn_in=burn)

Чтобы установить пакет PolyaGamma, выполните эти командыв вашем сеансе R: 

install.packages("devtools")  # optional, in case you don't have it
require(devtools)
devtools::install_github("kasparmartens/PolyaGamma")
library(PolyaGamma)
0 голосов
/ 20 ноября 2018

Я смог установить пакет на мою машину с Ubuntu с devtools::install_version("BayesLogit", "0.6")

Поскольку пакет содержит исходные файлы C ++, вам вполне нужны инструменты для компиляции.Если вы используете Windows, это означает, что вам нужно будет установить RTools.На Mac вам понадобятся инструменты командной строки Xcode .См. Также Как установить пакет, заархивированный из CRAN? и https://cran.r -project.org / bin / windows / Rtools /

...