Я понял, что некоторые сообщения были доставлены, а другие нет, и те, которые не работали, были предназначены для конкретных пользователей.В итоге возникла проблема с учетом регистра :(
SignalR использует идентификатор пользователя, который сохраняется, в моем случае, в файле cookie, и он чувствителен к регистру. Таким образом, устанавливая его всегда в нижнем регистре и в нижнем регистреИмена пользователей устранили проблему.
Пользователи и группы SignalR чувствительны к регистру.