Я обнаружил, что вы можете сделать это, используя скрытую опцию cwd следующим образом:
"nyc": {
"all": true,
"check-coverage": true,
"per-file": true,
"lines": 99,
"statements": 99,
"functions": 99,
"branches": 99,
**"cwd" : "../",**
"exclude" : [
"Tests/**/*.js"
]
}