R ggplot2 ggrepel - пометить подмножество точек, зная при этом все точки - PullRequest
Новая
       49

R ggplot2 ggrepel - пометить подмножество точек, зная при этом все точки

0 голосов
/ 19 сентября 2018

У меня довольно плотная диаграмма рассеяния, которую я строю с помощью R 'ggplot2', и я хочу пометить подмножество точек, используя 'ggrepel'.Моя проблема в том, что я хочу построить ВСЕ точки на диаграмме рассеяния, но пометить только подмножество с помощью ggrepel, и когда я делаю это, ggrepel не учитывает другие точки на графике при расчете, где размещать метки, что приводитк меткам, которые перекрывают другие точки на графике (которые я не хочу маркировать).

Вот пример графика, иллюстрирующего проблему. 

# generate data:
library(data.table)
library(stringi)
set.seed(20180918)
dt = data.table(
  name = stri_rand_strings(3000,length=6),
  one = rnorm(n = 3000,mean = 0,sd = 1),
  two = rnorm(n = 3000,mean = 0,sd = 1))
dt[, diff := one -two]
dt[, diff_cat := ifelse(one > 0 & two>0 & abs(diff)>1, "type_1",
                        ifelse(one<0 & two < 0 & abs(diff)>1, "type_2",
                               ifelse(two>0 & one<0 & abs(diff)>1, "type_3",
                                      ifelse(two<0 & one>0 & abs(diff)>1, "type_4", "other"))))]

# make plot
ggplot(dt, aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()

plot without labels

Если я нанесу только подмножество точек, которые я хочу пометить, то ggrepel сможет разместить все метки непересекающимся образом по отношению к другим точкам и меткам. 

ggplot(dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
  aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()+
  geom_text_repel(data = dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
                  aes(x=one,y=two,label=name))

plot labelled points only

Однако, когда я хочу построить это подмножество данных И исходные данные одновременно, я получаю перекрывающиеся точки с метками: 

# now add labels to a subset of points on the plot
ggplot(dt, aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()+
  geom_text_repel(data = dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
                  aes(x=one,y=two,label=name))

plot with labels

Как получить метки для поднабора точек, чтобы не перекрывать точки с исходными данными?

1 Ответ

0 голосов
/ 19 сентября 2018

Вы можете попробовать следующее:

  1. Назначить пустую метку ("") всем остальным точкам из исходных данных, чтобы geom_text_repel учитывал их при отбрасывании меток из
  2. Увеличьте параметр box.padding со значения по умолчанию 0.25 до большего значения, чтобы увеличить расстояние между метками;
  3. Увеличьте пределы по осям x и y, чтобы получитьмаркирует больше места с четырех сторон для отталкивания в сторону.

Пример кода (с box.padding = 1): 

ggplot(dt, 
       aes(x = one, y = two, color = diff_cat)) +
  geom_point() +
  geom_text_repel(data = . %>% 
                    mutate(label = ifelse(diff_cat %in% c("type_1", "type_2") & abs(diff) > 2,
                                          name, "")),
                  aes(label = label), 
                  box.padding = 1,
                  show.legend = FALSE) + #this removes the 'a' from the legend
  coord_cartesian(xlim = c(-5, 5), ylim = c(-5, 5)) +
  theme_bw()

plot

Вот еще одна попытка, с box.padding = 2:

plot 2

(Примечание: я использую ggrepel 0.8.0. Я не уверенесли все функции присутствуют в более ранних версиях пакета.)

...