Вы можете значительно упростить это, используя numpy.where
для выбора строк, которые вы хотите изменить:
import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame(data=[['AA 123',00],[99,10],['bb 12',10]],columns=['A','B'],index=[0,1,2])
df['A'] = np.where(df['A'].apply(lambda x: isinstance(x, str)),
df['A'].str.upper().str.replace(r'\s', ''),
df['A'])