Настройка
a = np.array([[1,2,3], [1,1,1], [1,1,1]])
b = np.array([[888,888], [99, 99]])
Вы работаете с копией массива, поэтому изменения не сохраняются, используйте numpy.ix_
здесь:
>>> a[np.ix_([1,2], [0,1])] = b
>>> a
array([[ 1, 2, 3],
[888, 888, 1],
[ 99, 99, 1]])