Просто исключите их, добавив отрицательный прогноз, исключая их.
(?!.*,.*\.*)
для поиска 2,292.39
и (?!.*\..*,*)
для поиска 2.392,39
сделают трюк
(?<!\d[- ]|[\d.,])-?[1-9]\d{0,2}(?:(?:[., ]\d{3})*|\d*)(?![\d%]|[- ][\d%])(?!.*,.*\.*)(?!.*\..*,*)
Проверьте это здесь: https://regex101.com/r/XPgypx/4