Как вы загрузили файлы? У нас была похожая проблема при копировании между виртуальными серверами. Все казалось идеальным, но они не работают должным образом, как вы сказали. Затем мы использовали xcopy для перемещения файлов.
Попробуйте загрузить их, используя хороший FTP-клиент. Также, пожалуйста, опубликуйте скриншот того, как это должно выглядеть.