Предполагая, что вы используете .NET 3.5, вы можете просто использовать:
var strings = new HashSet<string>(StringComparer.InvariantCultureIgnoreCase);
... или что-то подобное, где вы также выбрали бы подходящую культуру.
В действительности список не имеет представления о сравнении - только когда вы вызываете IndexOf
и связанные методы. Я не верю, что есть какой-либо способ указать, какое сравнение использовать для этого. Однако вы можете использовать List<T>.Find
с предикатом.