Мое решение:
sudo ./certbot-auto certonly -d "$LE_SSL_DOMAIN" --agree-tos --email "$LE_EMAIL" --webroot --webroot-path /var/app/current"$DOCUMENT_ROOT" --debug --non-interactive --renew-by-default
=> Обновление:
sudo ./certbot-auto certonly --apache -d "$LE_SSL_DOMAIN" -d "www.$LE_SSL_DOMAIN" --agree-tos --email "$LE_EMAIL" --debug --non-interactive --renew-by-default