Для Wix 2 был инструмент под названием Mallow, который делал это. Это было бесплатное, и я получил источник где-то. Эта функция также может быть доступна в Heat.exe на данный момент, но я не уверен.
Также кажется, что некоторые ребята из сообщества Wix экспериментируют с своего рода функцией автоматического сканирования, где вы можете помещать файлы в заранее определенное место выпуска и постоянно создавать новые файлы MSI - аля "непрерывная интеграция".
Вы хотите сделать это для большого количества пакетов или только для одного или нескольких? Дайте мне знать сферу применения, и я могу выслать вам код Mallow или найти ссылки для решений, ориентированных на «непрерывную интеграцию».