Я использую Limma для анализа набора данных метилирования в R.
Я подхожу к следующей линейной модели для моих данных:
#methylation dataset is a 400000x20 table (400000 CGs and 20 samples)
X <- model.matrix(~variable1+variable2+variable3)
fit <- lmFit(mValues,X)
resids <- residuals(fit,mValues)
#resids returns as expected a 400000x20 table
Мне нужен способ преобразования остатков в стандартизированныеостатки по образцам.Я знаю о стандарте, но он работает только для lm ().Есть ли похожий объект для объектов MarrayLM?
Должен ли я просто использовать функцию standard () для каждого ряда резидентов?