Ваш скрипт выглядит отлично.Можно добиться большей глобальной эффективности, удалив узел.
Вот минимальный пример, чтобы показать это:
import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edges_from([(0, 2), (2, 1)])
# Efficiency of: 0 -> 2 -> 1 :
print(nx.global_efficiency(G)) # 0.8333333333333334
# Efficiency of: 2 -> 1
print(nx.global_efficiency(G.subgraph(set(G)-{0}))) # 1.0
Общая эффективность графика вычисляется как объяснено здесь .