Я смог сделать это, добавив файлы преобразования xdt в проект библиотеки классов, а затем отредактировав файл csproj, чтобы получить эту ItemGroup.
<ItemGroup>
<Content Include="app.config.uninstall.xdt" />
<Content Include="app.config.install.xdt" />
</ItemGroup>
При выполнении пакета dotnet это автоматически добавляет их впапка содержимого пакета nuget.