Если вам не нужна точная история в вашей подпапке (неправильно заданная как вложенное Git-репо), самое простое решение - удалить эту подпапку .git/
каталог.
и из основного репо, сделайте:
git rm --cached subfolder
(без трейлинга /: только имя вложенной подпапки Git)
Оттуда вы можете из основного репо добавлять, фиксировать и выдвигать: это будет включатьсодержание подпапки)