В MySQL есть ошибка, делающая мастера экспорта крайне медленным при экспорте больших файлов.
Используйте код для экспорта файла.
Например, можно использовать:
SELECT variables
INTO OUTFILE 'nameoffile.csv' CHARACTER SET 'UTF8MB4'
FIELDS TERMINATED BY ','
FROM "table to export";