Sku и штрих-код будут храниться в двух отдельных строках, связанных post_id.Это синтаксис, который вам нужно использовать для обновления одной строки на основе другой в той же таблице в MySQL ( заимствовано из этого ответа ):
UPDATE wp_postmeta a
JOIN wp_postmeta b on b.post_id = a.post_id
SET a.meta_value = 'y'
WHERE a.meta_key = 'barcode'
AND b.meta_key = 'sku'
AND b.meta_value = 'x';
т.е. запросить идентификатор напсевдоним таблицы b, а затем обновите штрих-код на псевдониме таблицы a.
(но у меня нет установки WooCommerce, чтобы проверить это - сначала сделайте резервную копию вашей БД! и т. д.)