Я использовал socketio для производственной сборки, и у меня была похожая проблема.
Эта проблема была решена путем добавления следующего кода в файл конфигурации ssl.
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP:UPGRADE} ^WebSocket$ [NC]
RewriteCond %{HTTP:CONNECTION} ^Upgrade$ [NC]
RewriteRule .* ws://localhost:3000%{REQUEST_URI} [P]
Я просто добавил егоперед закрывающим тегом virtualhost.