Вы можете передать disable-notifications
вашим параметрам Chrome.
Вот пример, который я использую Javascript, должен работать так же с Python.
var o = new chrome.Options();
o.addArguments('user-data-dir=./chromeprofile');
o.addArguments('disable-infobars');
o.addArguments("disable-notifications");
o.setUserPreferences( { credentials_enable_service: false } );