У вас были некоторые синтаксические ошибки, но это работает, вы ранее устанавливали одну и ту же сцену, поэтому она делала то, что было сказано, она переключалась на одну и ту же сцену, и вы только добавляли кнопку 1 на оба экрана
public class Main extends Application {
public static void main(String[] args) {
launch(args);
}
@Override
public void start(Stage primaryStage) {
Button button1 = new Button();
Button button2 = new Button();
button1.setText("Yes");
button2.setText("No");
StackPane layout1 = new StackPane();
layout1.getChildren().add(button1);
StackPane layout2 = new StackPane();
layout2.getChildren().add(button2); //This should be button2
Scene scene1 = new Scene(layout1, 450, 250);
Scene scene2 = new Scene(layout2, 250, 450);
button1.setOnAction(e -> primaryStage.setScene(scene2)); //You set the wrong scene here
button2.setOnAction(e -> primaryStage.setScene(scene1)); //And here
primaryStage.setScene(scene1);
primaryStage.setTitle("Window-1");
primaryStage.show();
}
}