То есть, учитывая, что у меня есть сущности JHipster-JDL, которые просто «расширяют» другие в коде Java, поэтому им не нужен какой-либо первичный ключ, как я могу настроить JHipster, чтобы он не создавал PK для сущностей, которые я хочу?
Вы не можете этого сделать, потому что JDL не поддерживает наследование сущностей и не определяет ваш собственный PK.