Мне удалось использовать:
cmd = new String[]{"-i", srcPath, "-vf", "fade=t=in:st=0:d=0.5:color=white,fade=t=out:st=" + fadeDuration + ":d=0.5:color=white", "-pix_fmt", "yuv420p", "-c:v", "libx264", "-preset", "ultrafast", "-acodec", "copy", outPath};
Это добавит постепенное исчезновение в начале и постепенное исчезновение в конце.После того, как я добавляю эффект к каждому видео, я объединяю их вместе.