После удаления пакета из зависимостей его зависимости помечаются "optional": true
в package-lock.json
.
Обычно такие пакеты безопасно удалить вручную или
$ rm -rf package-lock.json node-modules/
$ npm install
* 1007.* Однако это не на 100% безопасно, так как некоторые пакеты будут обновлены до более новых версий.