Что именно вы хэшируете и как вы используете хеш?
Вы ссылаетесь на возможность хранения паролей к учетным записям для аутентификации на сайте? Слабость хеширования пароля вызвана неправильным использованием хэша (любого хэша), а не внутренней слабостью алгоритма хеширования. Никто не собирается перебирать ваш MD5-хеш, проблема будет в словарных атаках на известные хеш-значения (радужные таблицы). И защита состоит в том, чтобы использовать HMAC хеш или что-то подобное, например, "соленый" хеш.
Боюсь, вы не на том пути, если считаете, что использование другого алгоритма хеширования даст вам какую-то выгоду. Хотя верно то, что SHA1 или SHA256 имеют более сильный криптографический атрибут и будут выдерживать атаку грубой силой в течение более длительного времени, даже хэш-код stronges будет бесполезен при неправильном использовании. С другой стороны, MD5 будет нормально работать при правильном использовании.