Это вопрос импорта модулей python, а не команды Flask.
Поскольку файл command.py находится на том же уровне, что и модели папку, которую вы можете просто написать:
import models.user_models as users
После этого вы можете получить доступ к user_models модулю от пользователей ссылка:
import models.user_models as users
users.some_function_name()