Я полагаю, что этот ответ поступит поздно днем, но его опускают, чтобы помочь другим понять, как в Wcl работает поддержка WTP для WebSphere.
Поддержка WTP для более новых версий WebSphere Application Server поставляется только с коммерческими IDE - например, Rational Application Developer. MyEclipse - это еще одна IDE, которая поставляется с поддержкой WAS 7; для работы с экземпляром WAS v7.0 потребуется Blue Edition.
Философия заключается в том, что если проект WTP vanilla Eclipse должен поддерживать сервер приложений, то поставщик сервера приложений должен либо предоставить адаптер, либо какие-либо средства для выполнения интеграции. По понятным причинам это отсутствует для WAS 6.1 и 7.0, но доступно для 6.0.
Это имело место, но IBM с тех пор выпустила выпуск инструментария WebSphere Application Server и пожертвовала серверный адаптер для рынка Eclipse. Это покроет WAS 7, 8 и 8,5 альфа.