Я думаю, что вы ищете это:
df1 = pd.DataFrame({'ID':np.arange(1, 7),
'A': ['cat', 'dog', 'mamal', 'rat', 'rabbit', 'puppy'],
'B': [22, 33, 44, 55, 66, 77]})
df2 = pd.DataFrame({'name': ['x', 'y', 'z'],
'fav_animal': ['1,2,3', '2,3', '3,4']})
df2.loc[df2.name == 'x', 'fav_animal'].str.split(',')[0]
['1', '2', '3']
Возвращает список строк.Поэтому вам нужно преобразовать значения в целые числа с помощью функции карты.
mask = map(int, df2.loc[df2.name == 'x', 'fav_animal'].str.split(',')[0])
df1.loc[df1.ID.isin(mask), 'A'].values.tolist()
>['cat', 'dog', 'mamal']